Existem ilhas tanto na Baía de Guanabara como ilhas oceânicas em mar aberto. Recomendamos, para esses destinos, o acompanhamento de guias, marinheiros e pescadores experientes e autorizados. Esses locais reservam curiosidades pouco divulgadas e possuem áreas de importância ecológica. Por essa razão, todos os nossos profissionais foram treinados e têm o conhecimento da fauna e flora, para não agredir o ecossistema com as práticas mergulho e pesca.

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Na Baía de Guanabara destacam-se a Ilha das Cobras e a Ilha de Villegagnon. A primeira abriga inúmeras instalações da Marinha Brasileira e já foi um importante forte para a defesa da nossa cidade. Ela pode ser vista da barca Rio - Niterói. Já a Ilha de Villegagnon hoje sedia a Escola Naval do Rio de Janeiro e fica muito próxima ao Aeroporto Santos Dumont e Marina da Glória (nosso ponto de embarque e desembarque). Hoje a ilha está muito diferente do que foi no passado, quando abrigava fortificações para a defesa da cidade. Só pode ser vista de barco por quem faz o percurso Rio - Niterói.

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O arquipélago das ilhas Cagarras é formado por 4 ilhas (Redonda, Comprida, Palmas e Cagarras) e pode ser visto de diversos pontos da cidade. Ele fica localizado em frente à praia de Ipanema e possui um ecossistema muito rico e preservado. É ainda permitida a pesca amadora e o ecoturismo de forma sustentável. 

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O Arquipélago das Ilhas da Tijuca, próximo a São Conrado, é formado por várias ilhas, entre elas a Ilha do Meio. Da Barra da Tijuca é possível avistar a Ilha da Alfavaca, a Pontuda e as Lajes da Tijuca, que, como o próprio nome indica formam um grupo de platôs de rocha.

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A Ilha de Cotunduba é também uma ilha do litoral em mar aberto, situada bem na entrada da Baía de Guanabara, próxima à Praia Vermelha. Alguns adeptos de esportes de aventura, praticam rapel e alpinismo nos rochedos da ilha.

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A Ilha Rasa, situa-se em Guaratiba, na zona oeste da cidade, depois dos bairros da Barra da Tijuca e Recreio dos Bandeirantes. Segundo dizem, é um dos pontos para se avistar Baleias Jubarte quando estão passando pela costa do Rio em atividade migratória. A Ilha possui pequena flora em risco de extinção, como alguns tipos de capins, cactos e arbustos.

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As Ilhas das Peças e Ilhas das Palmas possuem bancos de areia, manguezais, Mata Atlântica e rochedos, e fazem parte da área de Proteção Ambiental de Grumari.